針對化肥過量施用造成的水稻土壤退化、品質(zhì)產(chǎn)量下降、病害頻繁等問題，通過微生物組學(xué)技術(shù)尋找水稻有益微生物類群，利用高通量篩選技術(shù)獲得有益微生物。根據(jù)水稻需肥特征和規(guī)律、土壤肥力及生態(tài)水平，在微生物-水稻-土壤相互作用機理的指導(dǎo)下研制包含微生物菌劑和中微量元素的菌肥配方，獲得可減少化肥用量、改良土壤、保持或提升水稻產(chǎn)量和品質(zhì)的菌肥（微生物肥料）產(chǎn)品，菌肥（微生物肥料）中有效活菌數(shù)≥2億個/ml，雜菌率＜10%，可減少化肥用量10%以上，提高化肥利用率，并可顯著改良土壤，提升水稻品質(zhì)或產(chǎn)量，從而推進(jìn)水稻的生態(tài)種植，促進(jìn)農(nóng)業(yè)的可持續(xù)化發(fā)展。